Klasik MHC moleküllerine bağlanma özelliğine sahip ligandlar (reseptöre bağlanabilen moleküller) proteinden kaynaklı peptidler ve peptidlerin modifiye versiyonları (örneğin glikan içeren peptidler, fosfat veya disülfid içeren peptidler gibi).
Klasik olmayan MHC I molekülü ve MHC I benzeri moleküller ise lipid ve küçük moleküllere bağlanabilmektedirler. Klasik olmayan MHC I ve MHC II ligandları (immuno) peptidom olarak adlandırılmaktadır. İmmünopeptidomların oluşması için proteoliz gereklidir ve hatta birden fazla tip proteolaz olaya katkı sağlar.
MHC benzeri moleküllerin sunduğu lipid, glikolipid ve diğer küçük moleküller için farklı bir işlem gerekmektedir.