Lenf düğümünde B hücre alanı (korteks), T hücre alanı (parakorteks) ve santral medulla (T hücre, B hücre, makrofajları) adı verilen yapıdan oluşmaktadır. T hücreleri ve dendritik hücreler parakortekste, B hücreleri ise foliküler dendritik hücrelerle birlikte kortekste yer alır. Parakortekste “high endotherlial venules” HEV adı verilen bir yapı vardır. Naive lenfositler lenf düğümüne aferent lenfatikler veya post kapiller venüllerde bulunan HEV’lerden girerler. Lenf düğümüne afferent lenf damarları aracılığıyla dendritik hücreler, çözünebilir antijenler ve lenfositler gelir.
Lenf düğümünün parankiminde, fibroblastik retiküler hücrelerin çevrelediği kolajen liflerden oluşan bir kanal ağı vardır. Kanal ağı stromal hücreler (fibroblastik retiküler hücreler, foliküler dendritik hücreler, marjinal retiküler hücreler ve CXCL12 abundant retiküler hücreler) tarfından desteklenir. Küçük antijenleri, kemokin ve diğer küçük moleküler ağırlığa sahip maddeleri içeren lenf bu kanallar aracılığıyla lenf düğümünden geçer. Fibroblastik retiküler hücreler, kanalların etrafını tam olarak izole edemediğinden hem dendritik hücreler hem de lenfositler aradaki boşluklardan geçerek antijen içeren lenfle buluşur, kemokin sinyali alır.
Yabancı antijenleri taşıyan lenf, aferent lenfatik damarla subkapsüler sinüslerden lenf düğümüne girer. Supkapsüller sinüs bütün lenf düğümünü sarmaktadır. Büyük antijenler lenf dokusuna giremediğinden subakapsüller sinüs ve trabeküllerde kalır. Supkapsüler ve medüller sinüste yaşayan makrofajlar tarafından büyük antijenler fagosite edililir. Fagosite edilmeyen büyük antijenler subkapsüller sinüslerde hiçbir engelle karşılaşmadan eferent lenfatiklere geçmebilmektedir. Dokulardan antijeni alıp lenf düğümüne gelen makrofaj veya dendritik hücreler burada antijen sunan hücre olarak işlev görmektedir.