Sitokinleri yapısal olarak benzerliklerine göre sınıflandırmak işlevlerini anlamak için gereklidir. Genel olarak, sitokinlerin yapısında alfa heliks yapısı vardır. Bu yapı alfa heliks yapısı birbirine paralel olmayan dört adet zincirden oluşur. IL-1 ise beta trefoil yapıya sahipken, tümör nekroz faktör beta tabakalarından oluşur. Yapısal özelliklerine göre sitokinler 5 aileye ayrılır: interlökinler, interferonlar, TNF, büyüme faktörü ve kemokinler. İnterlökinler büyük bir gruptur; IL-1'den başlar ve IL-35'e kadar devam eder. İnterlökinler de kendi içinde sınıflara ayrılabilir; IL-1 üst ailesi, IL-6 ailesi, IL-10 ailesi ve alfa zincir ailesi gibi. Benzer şekilde interferon ailesi de tip-1 interferon (interferon alfa ve interferon beta), tip 2 interferon (interferon gama) ve tip 3 interferon (IL-28 ve IL-29) olarak bölümlere ayrılabilir. TNF ise TNF sitokin ve B hücre aktive eden faktör (BAFF) olarak bölünebilir. Büyüme faktörleri çok geniş bir ailedir ve bu ailede organogenezde yer alan çeşitli hormonlar vardır fakat transformin faktör (TGF)-beta ve granülosit sitimüle edici faktör (G-CSF) de bu grupta yer alır.