C1 proteini birden fazla parçadan oluşmaktadır (C1q, C1r ve C1s). C1 kompleksinde 1 adet C1q vardır, C1r ve C1s’in her birinden ikişer adet vardır. C1q bölümü antikorla bağlandığında C1 proteinin genelinde bir şekilsel değişiklik olur. C1 proteinindeki değişiklik C1r ve C1s parçalarının aktive olmasını sağlar. C1 proteinin C1r ve C1s parçaları aktive olunca C4 proteinini aktive eder. C4 aktive olduğunda, C4a ve C4b parçalarına ayrılır. C4b parçası, C4a’ya göre daha büyüktür ve C2 proteinine bağlanır. C2’ye C4 bağlandığında C1s, C2’yi C2a ve C2b olarak ikiye ayırır. C2a, C4b’ye bağlanarak C4b2a şeklini alarak C3 konvertaz adı verilen bir enzim haline döner. Bu enzim 15 saniye ile 3 dakika süreyle etkili olduğu için C3’e hemen bağlanması gerekir. C3 konvertaz (yani C4bC2a) C3 proteinini C3a ve C3b parçalarına ayırmaktadır. Kısacası, klasik yolun sonunda C4bC2aC3b şeklinde parçalar birleşerek bir enzim halini alır (C5 konvertaz).
Lektin yolu antikor olmadan komplemanı aktive eden ikinci yoldur. Lektinler karbonhidratlara bağlanır. Bu yolla doğal ve kazanılmış bağışıklık sistemi arasına bir bağ daha eklenir çünkü sistemin sadece mikroorganizmaların yüzeyinde bulunan bazı karbonhidratları tanıması nonspesifiktir. Bu yolda lektin mannana bağlanır. Mannoz bağlayan lektin (MBL) akut faz proteinidir, normalde serumda vardır, karaciğerde yapılır ve inflamasyonda artar. Yeni doğanın savunma mekanizmasında önemlidir çünkü bu dönemde annenin sağladığı bağışılık kaybolurken bebeğin kendi bağışıklığı gelişmeye başlar. Bu nedenle MBL eksikliğinde önemli infeksiyonlar meydana gelir. MBL, C1q’ya benzer ve 3 adet MBL-serin proteazları (MASP-1, MASP-2 ve MASP-3) ile ilişkilidir. MBL yüzeye bağlandığında MASP-2 otoaktive olur, C4 ve C2’yi keser. C4 ve C2 kesildikten sonra gerisi klasik yolla aynıdır.
Kanda (plazma bölümünde), sürekli olarak az miktarda C3, C3a ve C3b’ye parçalanır. Bu olay kendiliğinden olur. Alternatif yolda C3b mikroorganizmanın yüzeyine bağlandığında aktive olur. C3b ile plazmada bulunan B ve D faktörleri, B faktörünü Ba ve Bb parçalarına ayırmaktadır. C3a ile Bb birleşince C3bBb kompleksini oluşturmaktadır, C3bBb ise bir başka C3 konvertazıdır. C3bBb enzimi (aynı zamanda bir enzim) porperdin (P faktörü) ile birleştiğinde diğer C3b parçalarının birleşmesini sağlayarak C3bBbC3b enziminin oluşmasını sağlar (C5 kovertaz). Bu aşamadan sonra klasik ve alternatif yol aynıdır.
C5b, patojenin veya enfekte hücrenin membranında kanallar açan ve onun osmotik stresle ölmesine neden olan membran atak kompleksinin (C5b-C6-C7-C8-polyC9) meydana gelmesi için gereklidir. C3b ve C4b opsonindir, patojeni bir nevi işaretlediğinden nötrofil ve makrofaj gibi fagositoz yapan hücreler tarafından alınması ve yok edilmesi sağlanır. C3b ve C4b bu özelliği sayesinde kompleman aktivasyonunu düzenler.