Enfeksiyonun başlangıcı, yara veya enfeksiyon ajanının giriş yeri gibi lokalize bir alandadır. Bu lokalize alanda, başlıca dokuya yerleşmiş makrofajların salgıladığı sitokinlerle birlikte kompleman aktivasyonuyla oluşan ve anafilatoksin özelliğine sahip C3a ve C5a ile enflamasyon başlatılır. Lokalize enflamasyonun başlamasıyla küçük damarların geçirgenliği artar ve düz kasların kasılır bu sayede plazma proteinleri ve immün hücreler dokuya girer. Bu aşamada hastada ateş, halsizlik ve lokalize ağrı belitileri vardır.
Anafilatoksin C3a ve C5a, pleiotorpik fonksiyona sahip (hem lokal enflamasyonu başlatır hem de kazanılmış bağışıklığın gelişmesini sağlar) küçük suda çözünür enflamasyon mediatörleridir. C3a ve C5a etkisini, spesifik reseptörlere bağlanarak gösterir. C3a reseptörü C3aR ve C5a reseptörleri C5aR1 ve CD88'dir. Anafilatoksin reseptörleri, nötrofil, monosit/makrofaj, bazofil, eozinofil, mast hücresi ve dendritik hücre gibi miyeloid orjinli hücrelerde çok yaygın eksprese edilir, bunun yanında epitel, endotel ve düz kas hücrelerinde de bu reseptörler vardır. Anafilatoksin doğal immün hücrelerinin dokuya gitmesinde anahtar role sahiptir çünkü kemotaktik özellikleri vardır; C5a nötrofil, makrofaj, dendritik hücre ve bazofilleri çekerken C3a mast hücrelerini çeker. C5a normal nötrofil degranülasyonu ve oksidatif burst için gereklidir. Mast hücrelerinden histamin salınması için C3a gerekir. C5aR1 sinyali lipoksigenez yolunu ve araşidonik asit metabolizmasını aktive ettiğinden nötrofil ve monositte eikosanoid üretimin arttırır. Anafilatoksinler bölgeye gelen lökositlerin pro-inflamatuvar sitokin üretme özelliğini arttırır. Endoteldeki C5aR uyarıldığı zaman, hücre adezyonunda rol oynayan E-selektin ICAM1 ve VCAM1 gibi molekülleri kodlayan genlerin çalışmasını arttırır, bu sayede immün hücrelerinin dokuya geçmesi kolaylaşır.
Anafilatoksinle birlikte C4b, C3b, iC3b, C3dg ve C3d gibi parçalar kompleman aktivasyonunda ortaya çıkar. Bu kompleman parçaları hücrelere yapışarak fagositoz edilmelerini kolaylaştırır. Örneğin CR1 (CD35) bir transmembran glikoproteindir, C3b ve C4b'ye bağlandığından patojenin veya diğer hedef hücrenin yüzeyinde toplanır. Makrofaj ve nötrofilin CR1 ile birleşmesi (sinerjistik olarak C5aR1 ile desteklenir) opsonize edilen patojenin fogositozunu başlatır. Compleman Resptör 3 (CR3, CD11b-CD18) ve 4 (CR4, CD11c-CD18) beta2 integrin adesyon molekülleri ailesine aittir. Bunlar nötrofil, monosit ve makrofaj da bulunur, patojenin veya hücrenin yüzeyindeki C3b'nin inaktive formun ile bağlanır. CR3'ün aktivasyonu nötrofil, makrofaj ve monositin fagositoz yapması ve nötrofillerde oksidatif burst için önemlidir. CR1'in makrofajda aktivasyonu proinlamatuvar sitokin IL-12'nin (T hücrelerinin aktivatörü) salgılanmasını sağlar.