Sinyal yolaklarının bazı kısımları karmaşık ve anlaşılması zor şekilde hareket edebilir. Bir yolak diğeriyle etkileşebilir. Yolaklar biribirleriyle etkileştiklerinde hücrenin mantık işlemiyle davranmasına neden olur. Örneğin iki farklı yolaktan gelen sinyaller mantıktaki gibi ve, veya ile ilerleyebilir. Aynı sinyal molekülü hücrede hali hazırda var olan proteinin ne olduğuna bağlı olarak farklı sonuçlara neden olabilir. Örneğin asetilkolin ligandı iskelet ve kalp kaslarında farklı sonuçlar doğurur çünkü bu hücre tipleri farklı yolakları tetikleyen farklı çeşitlerde asetil kolin reseptörüne sahiptir.