Dendritik hücreler genel olarak dokularda yerleşik halde bulunur, yüzeyinde barındırdığı PRR'ler aracılığıyla patojenin varlığını araştırır. Dendritik hücre patojenle karşılaştığında onu fagosite ederek antijenik peptidlerine ayırır ve MHC klas I ve/veya II molekülleriyle yüzeyinde sunar. MHC molekülüyle sunulan antijenler TLR veya diğer PRR'ler tarafından uyarıldıktan sonra oluşan fagozomdan elde edilirler. Benzer mekanizma MHC klas I için de geçerlidir. Antijen ve PAMP arasındaki ilişki fagositozla birlikte kurulur. PRR dendritik hücreleri aktive ederek sitokin üretmelerine ve hücre yüzeyinde sinyal eksprese etmelerine ve lenf dolaşımı aracılığıyla en yakın lenf düğümüne göç etmelerine yardımcı olur. Bu dendritik hücreler lenf düğümüne gittiklerinde, patojene ait antijenleri PRR ile uyarılan sitokinlerle birlikte T hücrelerine sunar. Bu işlemin sonucunda T hücreleri aktive olur ve çeşitli Th hücrelerine farklılaşır.
Antijen ve PAMP arasındaki ilişki B hücreleri için direkt olarak gerçekleşir, bu ikili tek bir molekül veya partikülle fiziksel olarak birleşiktir. B hücre reseptörü ve PRR birliktedir. TLR ligandı B hücre reseptörü tarafından, eksprese edilen TLR sayesinde tanınır. Hem doğal hem de kazanılmış bağışıklık ligandlarını birleştiren bu şekildeki antijenler "T bağımsız antijenler" olarak tanımlanır. Çünkü T hücrelerinin yardımı olmadan B hücre cevabı oluştururlar. Antijen ve PAMP fiziksel olarak birleşik değillerse ilişkilendirilmeleri efektör Th hücreleri tarafından önceden aktive olmuş dendritik hücrelerle olur. Bu antijenlere T bağımlı antijen adı verilir.
Innate like lenfositlerde yer alan antijen reseptörleri mikrobiyal ürünleri tanır, bu nedenle konvansiyonel lenfositler gibi bir mekanizmaya ihtiyaç duymazlar. B1 hücreleri direkt olarak PRR'ler ile uyarıldığında, ortak bakteri antijenlerini tanıyan geniş tanıma kapasitesine sahip antikorlar üretmeye programlanmışlardır. Innate like T hücreleri, lipid, glikolipid vre formilpeptid gibi mikrobiyal antijenleri non-klasik MHC molekülleri ile sunulduğunda tanır. Bazı durumlarda bu hücreler MHC-benzeri molekülleri antijen sunmasalar bile tanır fakat bu moleküllerin ekspresyonu PRR'ler ile indüklenmektedir. Bazı olgularda, mikrobiyal ürünlere yanıtta T hücre reseptör ligandlarının üretilmesi enfeksiyonun varlığını gösternmeye yetmektedir.
Th hücreleri, Th1, Th2 ve Th17'ye farklılaşır. Bu hücrelerin her birir farklı sitokin üretme özelliğine sahiptir. Th1, IFN-γ üretir ve makrofajların aktive olmasını sağlar bu sayede intraselüler patojenlere karşı savunma tetiklenir. Th1 hücrelerinden üretilen IFN-γ aynı zamanda B hücrelerinin IgG2 antikor üretmelerini sağlar. Th2 hücreleri çok hücreli parazitlere karşı korumada, IL-4, IL-5 ve IL-13 salgılayarak rol oynar. Bu sitokinlereozinofil, bazofil ve mukoza epitellerini kontrol etme fonksiyonuna sahiptir. IL-4 aynı zamanda B hücrelerinin IgE üretmelerini sağlar. IgE, mast hücreleri ve bazofil aktivasyonu ile etki göstermeleri açısından önemlidir. Th17 hücreleri IL-17 salgılayarak non-haemotopoietik hücre tiplerini (epitel hücrelerini) uyararak enfeksiyon bölgelerine nötrofillerin gelmesini sağlar. Th17 yanıtı ekstraselüler bakteri ve mantarlara karşı koruyucu etki sağlar. Naive Th hücrelerinin efektör seride yer alan Th1, Th2 ve Th17'ye farklılaşması trasnkripsiyonel master regülatörler ile kontrol altında tutulur. T-bet GATA-binding protein 3 (GATA3) ve retinoic acid receptro related orphan receptor-γt (RORγt) görev alır. Master regülatörler, PRR üzerinden aktive olan antijen sunan hücrelerin (dendritik hücreler) salgıladığı sitokinlerle kontrol altında tutulmaktadır. Burada efektör yanıtların doğal immün sistem tarafından kontrol edildiği anlatılmaktadır.
Th hücreleri, TLR üzerinden uyarıldığında IL-12 üretir ve Th'nin Th1'e dönmesine neden olur. TLR'nin indüklediği IL-6 ile birlikte transforming growth factor-β ise Th17'nin farklılaşmasını başlatır. Dectin 1'in ortaya çıkması, IL-23 üretimini sağlar, IL-23 ise Th17'nin fonksiyonu açısından önemlidir.
Kazanılmış bağışıklığın yanıtı sonunda antijene spesifik aktivasyon sağlar, bunun sonucunda ise doğal bağışıklık mekanizması etkilenir. Th hücreleri, Th1 ile makrofaj aktivasyonu, Th17 ile nötrofil aktivasyonu, Th2 ile bazofil, eozinofil ve mast hücre aktivasyonu ile doğal bağışıklık sisteminde yer alan bazı modüllerin harekete geçmesini sağlar. NK hücrelerine benzer şekilde, sitotoksik T hücreleri enfekte hücrelerin apopitozunu sağlar fakat T hücrelerinin yanıtı antijene spesifiktir. Antikorlar, doğal bağışıklık sistemini klass dependent manner (ve antigen dependent) şeklinde aktive eder. IgG komplenan ve patojenin opsonizasyonunu aktive ederek makrofaj ve nötrofiller tarafından fagositozunu kolaylaştırır. IgE ise mast hücreleri ve bazofilleri aktive eder. Doğal bağışıklık modülleri ya enfeksiyonunun başında PRR aracılığıyla veya enfeksiyonun ileri aşamasında indirekt olarak T hücreleri ve antikorlar aracılğıyla aktive edilir. Kazanılmış bağışıklığın her bir efektör mekanizması, konağın doğal bağışıklık mekanizmalarından uygun olanını aktive eder. Doğal bağışıklık sistemi enfeksiyonun kontrol altında tutulması için gerekli ise de patojenin temizlenmesinde yetersiz kalır. Örneğin Listeria monocytogenes enfeksiyonunda T hücre yanıtı gereklidir.