İnsanda mikroorganizmaların konolize olduğu çeşitli nişler (deri, bağırsak, solunum yolları, ürogenital sistem ve iç organlar gibi) vardır. Bu nişlerden kolon ve deri gibi bazıları endojen mikrobiyota ile kolonize olur. İç organlar ve alt solunum yolları gibi diğer nişler normalde steril olarak korunur. Mikrobiyal kolonizasyonun konak üzerindeki etkisi, mikrobiyal adaptasyon stratejisine bağlıdır. Bu etki intestinal bakterilerde olduğu gibi yarar sağlar. Bazı mikrobiyal kolonizasyonlar konağa zarar verir ve bunlara patojen adı verilir. Zarar veren mikroorganizmaların etkisi konağın bağışıklık sisteminin durumuna bağlıdır. Örneğin fırsatçıl patojenler sadece bağışıklık sistemi bozuk olan kişileri etkiler.
Bakterilerin konaktaki nişlere uyumu bazı adaptasyon faktörlerinin aktivitesine bağlıdır. Patojenler için bu adaptasyon faktörlerine virülans faktör adı verilir. Adaptasyon faktörleri, genellikle (Mycobacterium türleri istisna olabilir), bakteri türleri ve cinsleri arasında geçiş sağlayan mobil genetik elemenanlar (plazmid ve gen adası gibi) tarafından kodlanmaktadır. Virülans faktörlerinin rolü, bakterinin nişteki ortama uyumunu ve diğer konaklara aktarılmasını sağlamaktır. Patojen kolonize olduğu nişe bağlı olarak, virülans faktörleri aracılığıyla, yüzey epiteline penetrasyon, hücre yüzeyine veya ekstraselüler matrikse yapışma, intraselüler bölümlere invazyon, demir yakalama, konak savunma mekanizmalarından kaçma ve başka bir konağa geçiş gibi çeşitli aktivitelerde bulunmaktadır. Konağın dokularına verdiği zararın derecesiyle ilişkili olarak patojenlerin çeşitli uyum stratejileri vardır. Virülansın derecesinden bağımsız olarak, mikrobun konaktaki nişe adapte olması enfeksiyon hastalıklarına bağlı semptomların yan etki olarak ortaya çıkmasına neden olur.
Medzhitov R. Recognition of microorganisms and activation of the immune response. Nature. 2007 Oct 18;449(7164):819-26. doi: 10.1038/nature06246. PMID: 17943118.