İmmün sistem konağa zarar veren etkeni ortadan kaldırırken konağa zararlı olmak istemez. Normalde immün sistemin infeksiyon ajanını yok etmesi kolay ve basittir, ancak konak dokusunun arasında sadece infeksiyon ajanını seçerek yok etmesi olayı karmaşıklaştırır. Örneğin, bir şehri düşman askerleri işgal etmiş olsun, o şehrin üzerine nükleer bomba atılarak düşman askerleri yok edilebilir, ancak bu arada şehirde yaşayan sivil ve masum insanlar da ölür. Önemli olan sadece düşman askerlerini yok etmektir, sivil insanları tanımaktır. Tanımak, immün sistemin en önemli fonksiyonlarından birtanesidir. İmmün sistem patojen ve konak hücrelerini ayrıt edebilmelidir. İmmün sistemin en karmaşık yapısı, tanımak üzerinedir. Diğer taraftan, patojen konağa çeşitli şekillerde ve yaşam formlarında girebilmektedir. Bu nedenle immün sistem patojenleri iyi tanıyıp ona göre tavır almalıdır. Patojen, tek hücreli bir olduğu gibi çok hücreli de olabilmektedir. Patojenler çeşitli sınıflardan olabilmektedir. Patojenin hastalık oluşturma evresi 4 grupta incelenmektedir.
Bir infeksiyon sırasında yukardaki 4 evrenin hepsi aynı önem sırasında yer almaz. Örneğin bazı patojenlerin yayılması sınırlıdır. Patojener infeksiyon evresin açısında çok farklı özellikler gösterebilmektedir.
atojenin infeksiyona neden olabilmesi için birinci aşamada vücuda girmesi gerekmektedir. Koleraya neden olan bakteri barsakta vücuda girmeden hastalık oluşturmaktadır, yine benzer şekilde deride siğile neden olan virüs, vücuda girmeden hastalık oluşturur. Bu şekilde bir iki istisna vardır. Ancak genellikle patojen vücuda girer. Daha doğrusu, patojen vücuda girmek ister. İmmün sistem, patojenin vücuda girmesine engel olmaya çalışır. Bu amaçla, immün sistemin geliştirmiş olduğu fiziksel ve kimyasal engeller vardır.
Deri ve mukoza, bütünlüğü bozulmamış ise patojenin vücuda girmesini engeller. Siliyalı mukoza epiteli, özellikle solunum yollarında hava yoluyla vücuda giren patojenin öksürme gibi reflekslerle dışarı atılmasını sağlar. Mukus, solunum, idrar ve sindirim yollarında epiteller tarafından salgılanır. Yapışkan ve kıvamlı bir özelliğe sahip olan mukus mikroorganizmayı tutar ve hareket etmesini engeller. Solunum yollarında, mukus ve siliyalı epiteller oldukça etkili bir şekilde patojenin girişini engellemektedir.
Asit, mide mukozasından salgılandığın patojenlerin yok edilmesinde oldukça etkilidir. Vajinada bulunan komensal bakteriler ortama laktik ve propionik asit salgılamaktadır. Ortam pH’sının düşmesi, patojen bakterilerin üremesini ve vajene yerleşmesini engeller. Yağ asitleri, deride bulunan sebasöz bezlerden salgılanmaktadır ve antimikrobiyal özellik taşır. Lizozim, ter, göz yaşı ve diğer salgılarda bulunur. Bakterinin ölmesine veya hasar görmesine neden olur. Defensin, mukoza ve deri tarafından salgılanmaktadır. Antimikrobiyal özellik taşır. Kathelisidin, mukozadan salgılanan sıvılarda bulunmaktadır. Kolektin, mikroorganizmaların yüzeyinde bulunan şekere yapışarak mikroorganizmanın yok edilmesini kolaylaştırmaktadır. Kimyasal ve fiziksel bariyerler, vücuda girmek isteyen mikroorganizmaların neredeyse %99,9’unun yok edilmesini sağlar. Ancak buna rağmen, patojenler infeksiyon neden olabilmektedir.
Çok az patojen, sağlıklı bir deriden içeri girebilmektedir. Kancalı kurtlar sağlıklı bir deriden içeri girebilmektedir. Diğer taraftan, siğil etkeni olan virüs, içeri girmeden hastalık oluşturmaktadır. Mukoza patojenler açısından deriden daha kolay bir giriş kapısı oluşturmaktadır.